Penyelenggaraan pemerintahan daerah, sebagaimana diatur dalam Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah yang telah mengalami beberapa perubahan, dengan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2008 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004, dan dengan perubahan ketiga UU Nomor 23 Tahun 2014 lebih mengutamakan pelaksanaan desentralisasi yang memberikan keleluasaan dan sebagian besar kewenangan kepada daerah dalam menyelenggarakan otonomi daerah.
Keleluasaan tersebut adalah dalam hal kewenangan untuk menentukan dan melaksanakan kebijakan menurut prakarsa sendiri berdasarkan aspirasi masyarakat mulai dari perencanaan, pelaksanaan, pengawasan, dan evaluasi. Undang – Undang No. 25 Tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional telah mengamanatkan bahwa setiap Daerah harus menyusun Rencana Pembangunan Daerah secara sistematis, terarah terpadu dan tanggap terhadap perubahan, dengan jenjang perencanaan jangka panjang (25 tahun), jangka menengah (5 tahun), maupun jangka pendek (1 tahun). Berdasarkan hal itu setiap daerah harus menetapkan Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJPD), Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) dan Dokumen tersebut akan menjadi acuan untuk penyusunan rencana SKPD.
Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 54 Tahun 2010 tentang Pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 2008 tentang Tahapan, Tata Cara Penyusunan, Pengendalian dan Evaluasi Pelaksanaan Rencan Pembangunan Daerah. Organisasi Perangkat Daerah (OPD) merupakan unsur penyelenggara pemerintahan daerah yang dalam upaya mencapai keberhasilannya perlu didukung dengan perencanaan yang baik sesuai dengan visi dan misi organisasi. Pendekatan yang dilakukan adalah melalui perencanaan strategis yang merupakan serangkaian rencana tindakan dan kegiatan mendasar yang dibuat untuk diimplementasikan oleh organisasi dalam rangka pencapaian tujuan organisasi yang telah ditetapkan sebelumnya.
Dari Struktur Organisasi dapat dilihat bahwa Dinas Pendidikan membawahi 1 (satu) Sekretariat, yang dipimpin Sekretaris Dinas yang merupakan Pejabat Eselon III dan Membawahi 3 (tiga) Sub bagian yang merupakan Eselon IV-a, Dinas Pendidikan juga membawahi 4 (empat) bidang, masing masing Bidang dipimpin oleh Seorang Kepala Bidang yang merupakan Pejabat Eselon III-b dan Masing masing bidang membawahi 3 (tiga) sub-bidang yang merupakan pejabat eselon IV-a. Jadi jumlah pejabat Struktural pada Dinas Pendidikan Kabupaten Kotawaringin Timur sebanyak 21 (dua puluh satu) orang yang terdiri dari : 1 (satu) orang pejabat eselon II (Kepala Dinas), 1 (satu) orang penjabat eselon III-a (Sekretaris), 4 (empayt) orang pejabat eselon III-b (Kepala Bidang), dan 15 (lima belas) orang pejabat Eselon IV-a (Kasubag dan Kasubbid).
Dinas Pendidikan di bentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 19 tahun 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2012 Nomor 3) dan Peraturan Bupati Kotawaringin Timur Nomor : 28 Tahun 2016