Sekretariat dipimpin Sekretaris yang mempunyai tugas pokok mengordinasikan penyusunan program dan penyelenggaraan tugas-tugas bidang secara terpadu dan tugas pelayanan administrasi serta perlengkapan dan perbekalan, keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, keprotokolan. hubungan masyarakat dan rumah tangga organisasi tata laksana dan analisis jabatan serta dokumentasi peraturan perundang-undangan pada Dinas Pendidikan. Sekretariat Membawahi 3 Sub Bagian yaitu Subbag Umum dan Pelaporan, Subbag Keuangan dan Perencanaan, Subbag Penyelenggaraan Tugas Pembantuan
- Kepala Sub Bagian Umum dan Pelaporan mempunyai tugas pokok dalam urusan tata usaha, rumah tangga, pengelolaan kepegawaian, pengelolaan aset dan perlengkapan SKPD
- Kepala Sub Bagian Keuangan dan Perencanaan mempunyai tugas pokok Menangani urusan Pengelolaan Administrasi Keuangan dan Anggaran
- Kepala Sub Bagian Penyelenggaraan Tugas Pembantuan mempunyai tugas pokok Menangani Tugas pembantuan di Bidang Pendidikan Menengah dan Pendidikan Khusus